Jan urodził się w 1348 r. w Pomuku (późniejsza nazwa Nepomuk) koło czeskiej Pragi. Pierwsza pewna i ścisła wiadomość o jego życiu pochodzi z roku 1370. Wówczas, będąc jeszcze klerykiem, Jan figurował w dokumentach kurii biskupiej w Pradze w charakterze notariusza. W roku 1380 został wyświęcony na kapłana i otrzymał probostwo przy kościele św. Galla (Gawła) w Pradze. Równocześnie pełnił obowiązki notariusza przy arcybiskupie Janie Jenzensteinie. W roku 1381 studiował prawo na uniwersytecie w Pradze. W latach 1382-1387 studiował także w Padwie. W roku 1387 jako doktor prawa powrócił do Pragi. Został mianowany kanonikiem przy kolegiacie św. Idziego, a w dwa lata potem również kanonikiem przy kościele świętych Piotra i Pawła w Wyszehradzie. W roku 1390 został archidiakonem i proboszczem w Zatoc (Saaz).